316世纪中叶至20世纪中叶是近代蒙医理论体系的形成与发展时期。

明代中后期，随着藏传佛教传入蒙古地区，在全面接受和弘扬佛教文化的背景下，印度医学和藏医学深深地切入人们的日常生活，传统蒙医学的发展进入了新的历史阶段。

1576年，藏医经典著作《四部医典》传到蒙古，印度佛教巨著《丹珠尔经》于17世纪末被译成蒙文，同时期在佛教寺院设置医学教育的专门机构——曼巴札仓，兴办医学教育，这些在蒙医发展史上起着重要作用。蒙医吸收了藏医学及印度医学的以五元学说为核心的“三根理论”和“七素理论”及临床治疗，并把它与中医的阴阳五行学说相互渗透，结合蒙古地区的的特点和民间疗法，创造性地加以改造和发展。18世纪的杰出蒙医学家伊希巴拉吉尔，在他写的《甘露四部》一书中，首次提出“六基症”理论，认为一切疾病的发生都以赫依、希拉、巴达干、血、黄水、虫为根源。在药物学方面，蒙医学家们创造了适合于本地区实际情况的独特的配制法、用药法等。同时还吸收了汉藏等兄弟民族的药物学理论知识，使自己的药理学理论更加完善和发展。

在17世纪至18世纪，涌现出很多的著名药物学家和方剂学家。当时，依希巴拉吉尔撰写的《认药白晶药鉴》是内容比较丰富的蒙药学著作，收录了801种药。18世纪药物学家罗布僧苏勒和木撰写了《认药学》四部书，即《珠宝、土、石类认药学》、《木、汤、滋补类认药学》、《草类认药学》、《盐、灰、动物产品认药学》。19世纪，蒙药学家占巴拉道尔吉撰写了《蒙药正典》这是一部较完整的蒙药学经典著作，收载了879味药，详细说明了每味药的产地、形态、性味、功能、入药部分、采集时间、炮制法等，并分别用蒙汉藏文名词并列对照，还附有579张图。这一时期，蒙医学家明如勒·占布拉却吉丹增璞仁来所著的《蒙医金匾》，是一部较为完整的蒙药方剂学巨著。蒙医学家罗布桑却因丕勒编著的《蒙医药选编》一书，以临床各种疾病的诊治为主，论述了包括基础理论、药物、外治、“酸马奶疗法”等。外科学方面的理论和技术，也有很大发展，如清代蒙医杰出的手术家绰尔济墨尔根、觉罗——伊桑嘎等，对纠正四肢不能屈伸的关节脱位、骨折等，常能手到病除，觉罗——伊桑嘎采用冰冻麻醉法，切开整复粉碎性骨折，使其联缀，然后用桑白线缝合，效果颇佳。伊希巴拉吉尔在其编写的《甘露四部》中，详尽地论述了“创伤医治术”、“骨伤疗法”、“脱臼复位术”和“蒙古震脑术”等的理论与实际操作内容。

此期，中医学对蒙医学的影响有两种途径，一是直接影响，如蒙医学习中医的方法，借用中药等，《四部甘露》中专设有“用中医的方法和中药治疗的诸病”一章列举了18种病的治疗方法。《方海》等方剂学著作中也收录了大金丸、理中丸、八理散等一些中医方剂。同时，《本草纲目》、《保产机要》等中医学著作也被翻译成蒙古文，在蒙古地区传播。另一是间接影响，即通过藏医学传入蒙古地区，从而影响和丰富了蒙医理论，如阴阳五行学说，脉诊等成为蒙医学理论的重要组成部分。可以说，这是蒙医药的积累辉煌时期。

解放以后，虽蒙医学的发展进入了崭新的历史时期。但如今在市场经济的冲击下，蒙医药的发展状况却不尽人意，过去在内蒙古地区处于强势的蒙医药正逐渐被西医药及中医药取代。虽然国家、自治区颁布了一系列保护民族医药的政策法规，为蒙医药产业的发展奠定了良好的基础。但是，特殊优势和良好待遇并没有给蒙医药产业壮大注入活力，至今未能形成应有的特色产业规模，蒙医药在区内外医药市场所占份额少得可怜。与之形成强烈反差的是，同为民族医药的藏医药迅速壮大为仅次于中医药的第二大传统药系。如何对蒙医药进行继承和创新性的发展，使其在当今的医药领域竞争不至于落后，如何使特色资源丰富的蒙医药产业进行深度挖掘和开发，使其更具青春活力，为新世纪的人民健康服务，为社会带来应有的的经济效益，是当前蒙医发展中面临的重要课题。