中国历史上辽、金、元时期，北方少数民族医药文化相互融合，满族医药伴随着历史交替发展。

公元1206年，铁木真成吉思汗统一了北方蒙古族各部落建立蒙古国。1234年消灭了阿骨打建立的金朝政权。1271年，忽必烈将“蒙古”国号改为大元。采取了重新组合各民族力量，促进民族融合，对其他民族实施兼容并存的一系列政策。

元代满族（女真人族群）结构发生了变化，迁徙到中原地区的满族（女真人）长期与汉族和其他民族杂居相融。居住在长白山和松花江、黑龙江流域等北方地区集居的满族（女真人）保存了满族生活习惯，传统满族医药得以延续。

1368年朱元璋称帝，定国号为“大明”，元朝灭亡。明朝将满族(女真人）按照居住区域，分为建州女真、海西女真和野人女真，主要居住在我国北方。这一时期民间萨满已经掌握了药物的采集、加工、应用，疾病的预防，针灸按摩等多种医技医法，用来治疗常见疾病，传承着历代萨满积累的医药经验和知识。

明代满族先人（女真人）被文化程度发达的汉族、朝鲜族称作“野人”，但在医药学方面也为先进民族提供过借鉴，明嘉靖三十九年（1544）朝鲜李朝中宗大王患病“烦闷”，本国无良药，只好“用野人乾水和清心丸”，稍后又“进野人乾水凉膈散、至宝丹云”。顺治六年（1649）六月十五日，旨令盛京两牛录“把干馏的人参水各送一瓶”，用来治疗“骆驼的癞疾”，可见明代的女真人已能够将人参制成乾馏水治病。满族先人很早就懂得洗温泉养生保健，有病治病，无病健身。朝鲜史料记载明万历二十九年（1601）朝鲜节度使柳珩驰启曰：“满浦佥使金应瑞驰报，奴酋长子弘所土里（褚英）以眼疾率二百骑来浴满浦四日程汝延地温水。”